斐林试剂：还原性糖，生成砖红色沉淀；苏丹三（三应是罗马字母三，同理后面的四也是）和苏丹四：染脂肪，前者使脂肪呈橘黄色，后者使其呈红色；双缩脲：染蛋白质，使蛋白质呈紫色；醋酸洋红和龙丹紫：可用于染色体染色；还有染线粒体和细胞核的，不过这些应该都是死细胞染料，因为染料已经进入细胞，说明细胞膜已被破坏。
在高中阶段所接触的染料中，只有健那绿是活性染料，必须在细胞保持活性的条件下才能将细胞中的线粒体染成蓝绿色。