两者的区别在于成立时间不同，成立背景不同，和教育方向不同。
1，成立时间不同。
京师大学堂成立于公元1898年，京师同文馆成立于公元1862年。
2，成立背景不同。
京师大学堂是百日维新的产物，京师同文馆是洋务运动的产物。
3，教育方向不同。
京师大学堂是综合性学校，京师同文馆侧重于培育外语人才。