（1）用碱性磷酸酶处理限制酶酶解产生的线性载体分子。碱性磷酸酶可除去线性载体DNA 分子的5¹-磷酸，而留下3¹-羟基基团。经过碱性磷酸酶处理的线性载体分子，除非插入外源DNA 片段，否则就不能重新环化为有功能的载体分子。
（2）采用同聚物加尾连接技术，可自动防止线性载体DNA 分子的自身环化作用，这是因为切割后形成的线性DNA 分子的两个3¹-OH末端，此时都已被加上具有同样碱基结构的同聚物尾巴。
（3）应用柯斯质粒，也可防止质粒DNA 分子发生自身环化作用。需要指出的是，在连接反应中，正确配加载体DNA 与外源DNA 间的比例，是高效获得重组体的一个重要因素。在应用λ噬菌体或柯斯质粒作载体时，如果配置高比值的载体DNA /外源DNA 的连接反应体系，就有利于重组体分子的形成；在应用质粒作载体时，因为其重组体分子是由一个载体分子和一个外源DNA 片段环化而成的，所以当载体DNA 与外源DNA 的比例为1时，最有利于重组体分子的形成。