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南京工程学院是经教育部批准成立的一所以工学为主，工学、经济学、管理学、文学、理学、法学等学科协调发展的多科性普通本科大学。
2011年10月，南京工程学院正式获批为培养硕士专业学位研究生试点单位，在机械工程、电气工程两个领域开展工程硕士招生录取工作。
2018年3月，入选教育部首批“新工科”研究与实践项目。
2020年12月，成为江苏省新增硕士学位授予单位推荐高校 。