截止2018年，南通大学有4个校区：
主校区：南通市崇川区啬园路9号
启秀校区：江苏省南通市崇川区启秀路19号
启东校区：江苏省南通市启东市西振海路111号
钟秀校区：南通市外环东路999号
学校现有4个校区，占地面积3700余亩，建筑面积近100万平方米，纸质图书约280万册。办有学术期刊5种，其中《南通大学学报》（社会科学版）为CSSCI来源期刊、全国中文核心期刊。