1.概念不同
自交是指基因型相同的生物个体交配，植物指自花受粉和雌雄异花的同株受粉，动物指基因型相同的雌雄个体间交配.自由交配是指群体中的个体随机进行交配，基因型相同和不同的个体之间都要进行交配.植物和动物都包括自交和杂交，只是动物仍然是在雌雄个体之间进行.
2.交配组合种类不同
若某群体中有基因型AA、Aa、aa的个体，自交方式有AA×AA、Aa× Aa、aa×aa三种交配方式，而自由交配方式除上述三种交配方式外，还有AA× Aa、AA×aa、Aa×aa，共六种交配方式.
3.结果不同
含一对等位基因（Aa）的生物，连续自交n代产生的后代中，基因型为Aa的个体占12n，而基因型为AA和aa的个体各占12×（1-12n）；若自由交配n代产生的后代中，AA∶Aa∶aa=1∶2∶1.